Program Studi Ilmu Kesehatan Masyarakat Program Doktor (S3) dimulai proses pendiriannya sejak tahun 2016 melalui Keputusan Menteri Riset, Teknologi, Dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia Nomor 56/KPT/I/2016 tentang Pembukaan Program Studi Pada Universitas Sebelas Maret di Surakarta. Sesuai dengan arahan dari Kemenristek Dikti, diharapkan Program Studi Ilmu Kesehatan Masyarakat Program Doktor (S3) mulai menerima Mahasiswa pada bulan September 2016.
Program Studi Ilmu Kesehatan Masyarakat Program Doktor (S3) bertujuan untuk menghasilkan lulusan (S3) yang memiliki kemampuan akademik dan profesional yang dapat menerapkan, mengembangkan dan atau menciptakan inovasi teknologi dalam bidang ilmu kesehatan masyarakat. Mampu mengembangkan dan menyebarluaskan ilmu pengetahuan dan teknologi yang terkait dengan ilmu kesehatan masyarakat serta mengupayakan penggunaannya untuk meningkatkan derajat kesehatanmasyarakat.